มาตรา ๔๖ คดีที่อยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาของศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศที่ค้างพิจารณาอยู่ในศาลชั้นต้นในวันเปิดทำการของศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศที่ได้จัดตั้งขึ้นมาตามมาตรา ๕ ให้ศาลชั้นต้นนั้นคงพิจารณาพิพากษาต่อไปจนเสร็จ โดยถือว่าคดีนั้นมิใช่คดีทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศตามพระราชบัญญัตินี้ แต่ถ้าคู่ความทุกฝ่ายตกลงกันร้องขอให้โอนคดีนั้นไปพิจารณาพิพากษาในศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศที่มีอำนาจพิจารณาพิพากษาภายในหนึ่งร้อยแปดสิบวันนับแต่วันที่ศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศกลางเปิดทำการ ก็ให้ศาลทรัพย์สินทางปัญญาและการค้าระหว่างประเทศนั้นรับคดีไว้พิจารณาพิพากษาต่อไป